Napoleon III đã cử một nhóm cố vấn quân sự đến Nhật Bản để giúp hiện đại hóa quân đội của Shogun. Brunet được gửi đến làm hướng dẫn pháo binh, được chọn vào tháng 9 năm 1866. Phái đoàn đã đến đây vào đầu năm 1867 và huấn luyện quân đội của Shogun trong khoảng một năm. Trong khi ở Nhật Bản, ông được thăng cấp lên đại úy (tháng 8 năm 1867). Sau đó, vào năm 1868, Shogun bị lật đổ trong Chiến tranh Boshin, và Thiên hoàng Minh Trị được khôi phục toàn bộ quyền hành trên danh nghĩa. Sau đó, phái đoàn quân sự Pháp được lệnh rời khỏi Nhật Bản theo chiếu chỉ của triều đình.

Tuy nhiên, Brunet đã chọn ở lại. Ông không tham vào gia chức vụ mới của mình trong quân đội Pháp, trong khi không chính thức từ chức, và bỏ đi tới phía bắc nước Nhật với tàn quân Mạc phủ với hy vọng dàn dựng một cuộc phản công. Trong một lá thư gửi Napoléon III, Brunet đã giải thích về kế hoạch của liên minh này, cũng như vai trò của ông trong đó:

Một cuộc cách mạng đang buộc Phái đoàn Quân sự phải quay trở về Pháp. Một mình tôi ở lại, một mình tôi muốn tiếp tục, trong điều kiện mới: kết quả thu được của Phái đoàn, cùng với phe cánh miền Bắc, là phe có lợi cho Pháp ở Nhật Bản. Chẳng bao lâu một phản ứng sẽ xảy ra, và các Daimyo miền Bắc đề nghị tôi làm trụ cột cho nó. Tôi đã chấp nhận, bởi vì với sự giúp đỡ của một ngàn sĩ quan và hạ sĩ quan, sinh viên người Nhật của chúng ta, tôi có thể chỉ đạo 50.000 quân của Liên bang này.

— Jules Brunet, Thư gửi Napoleon III.[1]